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寻找下一代植物微生物群

AgBiome是一家生物技术公司,利用其对植物相关微生物群落的知识来创造创新的作物保护产品. 最近被评为全球领先的50家亚博科技公司之一, 他们分离, 每年从世界各地收集的样品中对数万种微生物的基因组进行编目和测序,以创造更有效和可持续的农产品. 他们的使命是成为作物保护领域最好的创新者.

888贵宾会登录是自动化和编排其数据管道的核心,用可伸缩的方式取代手动的脚本和流程, 可重复的端到端工作流. 这使得AgBiome能够专注于开发变革性技术来推动农业发展,而不是在基础设施方面争吵不休.

所面临的挑战

毛里西奥·博根和查尔斯·佩佩-兰尼,是斯坦福大学计算生物学团队的成员 AgBiome需要一种方法来改进公司的基因组数据科学方法. 与 数量迅速增长的新微生物来自众多的来源和有限的 基础设施来支持他们的研究过程,毛里西奥和查尔斯意识到一个 有必要采取新的办法. 为了满足业务的需要,团队需要开始 将他们的手工流程转换为自动化的、可重复的、可扩展的管道.

他没有把时间花在创新上,也没有把技术作为业务的力量倍增器, 这个团队花了很多时间处理脚本和分析. “888贵宾会登录网址有很多手工制作 精心制作的、一次性的特别分析. 这没有规模,”毛里西奥说. 因此,他和查尔斯 决心找到一种方法,将他们的定制,大量的手工工作流程转化为 迭代的、易于组装的管道可以随业务扩展.

888贵宾会登录帮助888贵宾会登录网址手动转换现有的数据科学管道 managed scripts to scalable, 可重复的端到端工作流; enabling us to 更加注重发展变革性技术,推动农业向前发展 而不是在基础设施上争吵.

查尔斯是在听到厚皮动物的员工丹尼尔·怀特纳克 在Data Skeptic播客上,在YouTube上观看丹尼尔的许多会议演讲. He 看到了它的潜力,可以重塑他们的工作流程,更快地为科学家提供数据. 后 在各种选择中,他们选择了888贵宾会登录,因为它是最有效的平台 交付标准化的端到端数据科学管道. 它可以在任何基础设施上扩展 在为团队提供轻松利用新框架所需的灵活性的同时 语言通过Docker容器.

AgBiome为什么选择厚皮动物

效率

为不断扩大的微生物基因组收集手动管理基因组分析过程 这个数字已经达到数万,这意味着大量的时间和资源都集中在争论上 基础设施而不是他们的核心专业知识,数据科学. 小组需要追踪并 经常为每个单独的分析提供必要的数据. 888贵宾会登录使AgBiome能够 配置可重复的模块化管道,利用Docker®容器. 这意味着他们可以 标准化管道的各个方面,并构建可自动运行的预制工作流 完成数据的添加.

灵活性

AgBiome的计算生物学团队支持一个大约70名科学家的团队, 每个都有独特的 需求和首选项. Mauricio和Charles想要简化这些环境 强迫所有人遵守某种语言. 由于888贵宾会登录利用Docker®容器, 因此, 语言/框架不可知论者, 数据科学家可以灵活地选择合适的工具 作业,而不增加额外的复杂性.

出处

除了需要处理大量数据外,AgBiome还需要同时维护 结果的可重复性. 888贵宾会登录具有版本控制数据的能力,与 就像Git处理代码一样. 这将使AgBiome能够随着时间的推移跟踪他们的数据状态, 在历史数据上回测模型,与队友共享数据,并恢复到以前的数据状态.


结果

AgBiome将以最具创新性、无可比拟的方式引领下一次农业革命 大规模使用植物微生物群. 为了跟上这一步伐,他们指望888贵宾会登录自动化 他们的基因组管道,并将现有的管道从手动管理的脚本转换为可扩展的, 可重复的端到端工作流. 他们的团队现在可以更专注于开发变革性的产品 推动农业发展的技术,而不是争吵的基础设施.

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